Ptolomeo IX ascendió al trono tras la muerte de su padre Ptolomeo VIII. Se casó con su hermana Cleopatra IV . Poco después fue testigo de una lucha entre su esposa y su madre. Esta lucha fue el resultado de subestimar el poder de su hijo Ptolomeo IX y su esposa Cleopatra IV. La lucha entre las dos mujeres al trono hizo que Cleopatra III decidiera salir de Egipto a Chipre por un tiempo.

Ptolomeo IX dejó a su esposa y se casó con su hermana menor, Cleopatra V , lo que hizo que Cleopatra IV se pusiese muy celosa, y salir de Egipto a Siria, donde murió. Cleopatra III empezó a organizar para deshacerse de su hijo como un gobernante a través de la difusión de rumores entre la gente acerca de su personalidad y su política hasta que Ptolomeo IX tuvo que huir a Chipre. Después de su huida, se le sustituyó por su hijo menor, Ptolomeo X ( Alejandro I). Ptolomeo X gobernó Egipto como co-soberano. Al mismo tiempo, Ptolomeo IX estaba tratando de conquistar a algunas de las tierras que pertenecían a Egipto, pero en este momento no era muy útil. Cleopatra III murió en 101 A.C., lo que hizo Ptolomeo X pudiese gobernar solo. Algunos estudiosos sugieren que tuvo que ver con la muerte de su madre con el objetivo de apoderarse del país.

Él gobernó Egipto durante un tiempo hasta que el pueblo de Alejandría logró expulsarlo del país después de una revolución en el 88 AC. Esta revolución le obligó a huir a Chipre, donde murió. Después de la muerte de Ptolomeo X, Ptolomeo IX (Soter II), volvió oficialmente al trono de Egipto, y Bernice III compartió el trono con él . Ptolomeo IX no quiso tomar parte en la guerra que tenía lugar en todo el imperio macedonio y murió sin heredero real del trono. Bernice III se encontró sola en el trono de Egipto y buscó a alguién con quien pudiera gobernar pero al mismo tiempo pudiese deshacerse de él. Encontró que Ptolomeo X (Alexander I) tenía un hijo que vivía en Roma. Este hijo pasó su infancia en Egipto. Era años más joven que Bernice III, pero se casó con ella para ascender al trono. Bernice III fue una figura muy popular. Desafortunadamente, tan pronto como Ptolomeo XI ascendió al trono, la mató y dicha acción hizo que el pueblo de Alejandría se enojara con él . Al final, lo mataron y lo cortaron en pedazos después de sólo haber gobernado 20 días.