Después de la muerte de Ptolomeo XI (Alexander II), hubo un problema de quién debería ascender al trono. Ptolomeo IX tuvo dos hijos ilegítimos, uno de los cuales vivía en Asia Menor. Este hijo fue llevado a Egipto, y ascendió al trono con el nombre de Ptolomeo XII , mientras que su hermano menor, fue coronado como rey de Chipre. Ptolomeo XII se casó con alguien (probablemente su hermana), y su nombre era Tryphena (más tarde conocidos como Cleopatra VI). Al principio, Ptolomeo XII no fue reconocido por Roma, y pasó gran parte de su reinado y un montón de dinero para obtener este reconocimiento: compró la ayuda de Julio César con 6000 talentos, y fue reconocido como el amigo y aliado de Roma.

Poco después, Roma tomó Chipre y el hermano de Ptolomeo XII se vio obligado a suicidarse y Egipto Perdió la isla se para siempre. Una vez más, esto causó muchos problemas a Ptolomeo XII en Egipto. Como los egipcios no estaban satisfechos con lo que estaba pasando, Ptolomeo XII fue a Roma para plantear su queja de los seléucides en Siria. Ahí se hicieron sugerencias de que uno de los dos príncipes seléucides debe casarse con Berenice, su hija. Sin embargo, parece que Roma intervino e impidió que el príncipe saliese de Siria, y otro príncipe seléucide apareció en Alejandría y se casó con Bernice.

Ptolomeo XII construyó muy poco: terminó los pilones en Edfu, donde comparecía ante Horus, y de nuevo en la torre de Filé. Cuando murió, hubo una voluntad indicando que debe ser seguido por su hijo Ptolomeo y su hija Cleopatra VII , con la esperanza de que pudieran casarse, y Roma lo aceptaría (esto ocurrió hacia el año 51 a. C.). Algunos expertos sugirieron que Ptolomeo XII elevó a Cleopatra en el trono de Egipto antes de su muerte.