El siglo IV fue testigo de la cuarta división del Imperio Romano en dos imperios distintos: el Imperio Romano de Oriente (más tarde llamado el Imperio Bizantino) y Imperio Romano de Occidente. Fue una división reforzada cuando Constantine I trasladó la capital del Imperio de Oriente de Nicomedia (en Anatolia) a Bizancio (la ciudad que inspiró a su imaginación en el año 330 dC para ser reconstruida como Nuova Roma (Nueva Roma)). Después de la muerte de Constantino, Bizancio fue llamado , Constantinopla, hasta que cayó bajo el Imperio Otomano el 29 de mayo de 1453, y los turcos la llamaron Estambul.

El Imperio Bizantino tuvo un evidente carácter greco-romano. Es significativo que, cuando los bizantinos gradualmente abrazaron el cristianismo, durante la lo siglos 5 y 5 su cultura adquirió un carácter notablemente diferentes de su pasado pagano. En el siglo 7, el imperio se canalizó hacia otra dirección bajo el gobierno del emperador Heraclio cuando el griego fue adoptado como el idioma oficial del imperio. El Imperio Bizantino, finalmente comenzó a adquirir un estilo oriental. Durante mucho tiempo el Imperio Bizantino conservó su posición económica, cultural y militar en el interior del continente a través de proporcionar un escudo militar contra la expansión musulmana temprana. suministraba a la zona del Mediterráneo con monedas de oro.
Egipto bajo el Dominio Bizantino

la caída del Imperio Romano de Occidente en el siglo 5 reforzó el aislamiento de la cultura de Roma y aceleró la difusión del cristianismo en Egipto . Cuando el cristianismo se propagó en Egipto, la cultura faraónica egipcia comenzó a desaparecer: nadie podía leer los jeroglíficos, ya que los sacerdotes ya no estaban en los templos (que fueron transferidos a las iglesias o abandonados en el desierto). Siendo la segunda ciudad del imperio, Alejandría estaba llena de controversias religiosas y plagada de desavenencias. En respuesta a la matanza de muchos cristianos por los judíos - sgún los alejandrinos - , Cyril (el Patriarca de Alejandría) instó a gobernador de la ciudad de deportar a los Judios de Alejandría en el 415. No obstante, Egipto continuó suministrando al Imperio y la región mediterránea en su conjunto con una gran parte de su producción agrícola y su industria siguió siendo importante polémicas religiosas entre la iglesia de egipto y el imperio bizantino.

Las Polémicas religiosas entre la Iglesia de Egipto y el Imperio Bizantino fueron provocadas sobre la naturaleza de Jesús, más concretamente, si tenía dos naturalezas, humana y divina, o sólo uno.
Solicitado por Constantine I, el primer Concilio de Nicea se celebró en Nicea (en Bitinia) en el 325 dC y dió lugar a la doctrina uniforme de los primeros cristianos , llamado "Credo Niceno" que tenía por objeto resolver los debates dentro de la Iglesia de Alejandría sobre la naturaleza de Jesús con el fin de definir la unidad de las creencias para el conjunto de la cristiandad. Mientras St. Alejandro de Alejandría y Atanasio tomaron la posición de que Jesús era de la misma sustancia que Dios el Padre, el presbítero popular Ario adoptó la posición de que Jesús no era más que de sustancia similar - y la decisión del Consejo fue contra el Ario.

Como el Concilio de Nicea no llegó a aclarar la divinidad de Jesús, en 381, Teodosio I pidió que se convocara el Primer Concilio de Constantinopla. El Concilio se celebró en la iglesia de Santa Irene de mayo a julio 381. el Consejo abordó numerosas cuestiones: denunció el arrianismo y amplió el tercer artículo del Credo (que trata del Espíritu Santo) del llamado Credo de Nicea de 381 . Significativamente, se estableció que Jesús es el mismo ser como Dios el Padre.

Cabe señalar que debido a que el papa Dámaso I no fue invtado al consejo (o más bien se negó a estar presente), el consejo es a veces llamado el Consejo inecuménico. No obstante, se consideró ecuménico en el Concilio de Calcedonia en 451.  El Concilio condenó la idea de que la naturaleza de Jesús no significaba nada, sin tener en cuenta los resultados de 449. Como consecuencia, la de Calcedonia proporcionó una descripción de la plena naturaleza humana y plena naturaleza divina de Jesús.

Aunque la Iglesia Católica Romana y la Iglesia ortodoxa oriental (en aquel entonces una sola iglesia) reconocieron este Consejo como impecable en sus definiciones doctrinales, surgió un cisma importante. Es decir, los que se abstuvieron de aceptar sus enseñanzas (que ahora se conoce como la ortodoxia oriental) fueron acusados de monofisismo (creer que Jesús tiene dos naturalezas en una naturaleza que se llama, el Logos encarnado de Dios. Sin embargo, la corriente del pensamiento monofisita siguió viva en Egipto y Siria en oposición a la percepción ortodoxa