Con la conquista otomana de Egipto por el sultán Selim I El reino mameluco llegó a su fin. A partir de ese momento, Egipto se convirtió en una provincia bajo el Imperio Otomano. Selim I dejó tras de sí Khair Bey como gobernador de Egipto. Khair Bey mantuvo su corte en la Ciudadela, la antigua residencia de los gobernantes de Egipto. Durante el reinado del sultán siguiente, Suliman I, se crearon dos cámaras, en la que, tanto el ejército y las autoridades religiosas estuvieron representadas para ayudar al pachá en sus deliberaciones. Estas dos cámaras fueron llamadas el Gran Divan y el Diván Menor. Selim I y sus sucesores no consiguieron acabar ni con la influencia no con el poder de los mamelucos de Egipto .

Los turcos otomanos gobernaron Egipto desde Istanbul a través de Pachás cuyo gobierno no pasaba de la recaudación de impuestos. Los otomanos se basaron en el ejército mameluco cuyas filas continuaron ampliándose con los mercenarios esclavos traídos desde el Cáucaso. Durante las últimas décadas del siglo XVI y los primeros siglos XVII, una serie de revueltas estallaron. En 1604 el gobernador Ibrahim Pasha , fue asesinado por los soldados, y su cabeza fue colgada Bab Zuwaylah. Durante estos años, también hubo un resurgimiento en la estructura militar de los mamelucos. A mediados del siglo XVII, la supremacía política había pasado a los beyes. En 1760, Ali Bey El Kabir asumió el cargo de Sheikh el Balad (el Gobernante del país).

Se ganó el control del ejército y se alió con el jeque Daher El Omar en Palestina contra el sultán otomano. Expulsó al Wali otomano y anunció la independencia de Egipto. Emitió decretos en su propio nombre y redirigió los ingresos del Estado para su propio uso, y trató de recrear el imperio mameluco ivadiendo Siria. También logró extender su influencia a Hijaz y Yemen, donde envió un ejército bajo el liderazgo de Muhammad Bey Abu El-Dahab. Además, Ali Bey trató de fortalecer los lazos comerciales con Europa e intentó abrir el puerto de Suez a la navegación europea.

Ali Bey gobernó brevemente y sus sucesores, especialmente Muhammad Bey, continuaron sus políticas. En 1786, una expedición enviada por el Sultán Otomano logró recuperar el poder en Egipto. Después de la muerte de Muhammad Bey, hubo una lucha poor el poder entre los beyes. Ibrahim Bey y Murad Bey lograron hacer valer su autoridad y compartían el poder en Egipto y se mantuvieron en el poder hasta la invasión francesa en 1798.