Tras el asesinato de Cómodo, las legiones romanas comenzaron a proponer a sus candidatos y un estado de caos dominó por todo el Imperio, hasta que Septimio Severo derrotó Pescenio Níger. Severo visitó Egipto y ordenó el restablecimiento del consejo de la ciudad (Bola), no sólo en Alejandría, sino también en todas las capitales de Egipto. Antonino ( Caracalla ) continuó la política de la calma de su padre y decidió dar a la ciudadanía romana a todos los de las naciones del Imperio. Pero cuando Caracalla, visitó Egipto, no le gustó que los alejandrinos le criticaran y ordenó a sus tropas castigarlos y causó mucha destrucción.

Período posterior a la de Caracalla fue testigo de una lucha entre los generales romanos de la sucesión hasta Diocleciano . En este período, Egipto ya no era importante para el Imperio Romano por el empobrecimiento y el agotamiento de sus recursos. Egipto se convirtió incluso el destino de los repudiados por Roma. Zenobia, la esposa de Odenato (el gobernador de Palmira ) invadió Egipto con un ejército de 70.000 soldados.

En Alejandría , su ejército declaró su hijo, Vaballathus, emperador. Aureliano reconoció a Vaballathus como un socio, pero muy pronto estalló la guerra entre ellos y el primero fue capaz de conquistar Palmira y cautivar a la reina Zenobia .

Mientras tanto, una amenaza diferente apareció. La nueva religión cristiana que predicaba la fraternidad y la redención, se extendió en Egipto y en muchas otras provincias del Imperio. Los griegos egipcianizados adoptaron la nueva religión con facilidad puesto que tenía mucho parecido con su Santísima Trinidad y los valores de redención, salvación, resurrección, resistencia pasiva, y equidad entre los seres humanos tenían mucho parecido con la mitología de Isis , Osiris y Horus.

Egipto durante el Reinado de Diocleciano

Además de la pobreza, los altos impuestos y la discriminación injusta, Egipto también sufrió los ataques de los Blemios que vinieron del Sur. El pueblo egipcio no mostró ninguna resistencia a estas tribus, tal vez porque estaban cansados de la ocupación romana. La administración romana tampoco encontraba soldados que querían servir en lugares del desierto privados de cualquier signo de civilización. Diocleciano decidió trasladar la línea defensiva a Aswan y convenció a las tribus beduinas para ir al sur para defender la frontera sur a cambio de apoyo financiero. Por otra parte, Diocleciano trató de comprar la paz a través de dar a los Blemios grandes sumas de dinero en la condición de que se abstuvieran de saqueos y pillajes. En Alejandría, las revoluciones estallaron uno tras otro, la más fuerte, la que estaba encabezada por Lucio Domicio Domiciano, que fue declarado emperador.

Diocleciano envió una gran fuerza a Alejandría y la sitió durante 8 meses y luego atacó la ciudad, causando una gran destrucción. Cuando Diocleciano llegó a Alejandría, encontró una ciudad destruida pobre, llena de enfermedades y plagas . Diocleciano decidió comprar la lealtad de alejandrinos decretando donarles una parte de la reserva de trigo de la ciudad . En agradecimiento, los alejandrinos erigió un monumento en forma de una columna de 26 metros. Diocleciano decidió cancelar la moneda de Alejandría e incorporó Egipto al sistema monetario del Imperio. Diocleciano tuvo que enfrentarse el peligro de la nueva religión cristiana, que obstaculizaba su proyecto de revivir el Imperio.

El cristianismo se había extendido en el Delta, entre los greco-egipcios y gradualmente se extendió a Alejandría, que fue evangelizada por San Marcos en el 60 AC. En el año 68 AC, fue martirizado por un ataque de los paganos. Diocleciano ordenó la persecución de los cristianos y masacró a miles de ellos, así que el año de su coronación, se considera el año de los mártires y el comienzo del calendario de los egipcios coptos. Diocleciano dividió el imperio en cuatro regiones, cada dos regiones se regían por un emperador.

Egipto durante el Reinado de Constantino

Constantino había derrotado Lucinius en su guerra por el Imperio de Oriente y eligió la ciudad de Bizancio como su capital en el 323 AC. Constantino reconoció el cristianismo como religión oficial del Imperio, en un intento de apaciguar el Imperio de Oriente. Pero muy pronto, las diferencias entre los cristianos estallaron en la determinación de la relación entre los miembros de la Trinidad y las guerras estallaron de nuevo, esta vez religiosas. Constantino celebró un foro en Nicea en el año 325 AC para salvar las diferencias entre Ario y el obispo Atanasio de Alejandría. Las consecuencias del foro fueron desastrosas, ya que, inicialmente Ario fue al exilio y, a continuación, Atanasio. Estas acciones sembraron la división entre las iglesias orientales y desataron un conflicto entre el Estado que quería controlar la iglesia y la iglesia que quería los antiguos privilegios de los antiguos templos paganos.