Un gran número de príncipes egipcios y líderes lucharon contra la ocupación persa. Ellos trataron de hacer alianza con los griegos, ofreciéndoles grandes cantidades de trigo. Sin embargo, los griegos firmaron un tratado de paz con los persas. Los egipcios, dirigidos por Amun-her, Anaros, y en Amiritaius fueron capaces de derrotar a los persas y vengarse de sus aliados los Judíos, que residían en la isla Elefantina . Dara II tuvo que reconocer la independencia de Egipto y Amiritaius se convirtió en el primero y el único rey de la dinastía XXVIII.

Después de la muerte de Amiritaius, Naif-Au-Rod (Nefertis I) fundó la dinastía XXIX (Según Manetón) y gobernó Egipto durante 20 años desde la ciudad de Mendes .
Los Reyes dela dinastía XXIX trataron de hacer alianza con los espartanos y los griegos contra los persas, y restauraron los templos destruidos.  Nectanebo I usurpó el trono y fundó la Dinastía XXX, que gobernó Egipto durante 37 años (380-343 aC). Durante el reinado de esta dinastía, el país se unificó y los templos fueron restaurados. Durante el reinado de Nectanebo I, los persas invadieron Egipto, con miles de soldados persas y mercenarios griegos, pero no tuvieron éxito debido a las inundaciones, y tuvieron que retirarse a Asia.

Jed-Her hizo alianza con los espartanos y los griegos contra los fenicios, pero fue derrotado y exiliado a Persia.  Nectanebo II gobernó Egipto durante 17 años, hasta que los persas, dirigidos por Artkserksis III invadió Egipto, y Nectanebo II huyó a Nubia. La ocupación persa duró 11 años, hasta que Alejandro derrotó a los persas y Egipto pasó a ser parte de su vasto imperio