El Templo de Amenhotep IV (Akhenaton) se encuentra al este del complejo principal, fuera de los muros del Templo principal de Karnak. El templo fue destruido después de la muerte de su constructor, y actualmente se desconoce su extensión y diseño. Fue construido durante los primeros cuatro años del reinado de Akhenaton, cuando todavía se refería a sí mismo como Amenhotep IV. Akhenaton nombró los edificios del templo (Gm – p3 – itn) (Gempaaten), que significa "El disco solar se encuentra en el estado del dios Aten"; Hwt – bnbn "La mansión de la piedra de Benben"; Rwd – mnw – n – itn – r – nhh "Robustos son los monumentos del disco del sol para siempre"; y Tni – mnw – n – itn – r – nhh "Exaltados son los monumentos del disco solar para siempre". Queda muy poco de estos edificios, y sus bloques se usaron para llenar otros edificios que datan del faraón Horemheb.