La mezquita de El Aqmar se ubica en la calle El Muiz Le Din Allah a pocos metros del Sabil-Kuttab de Abd El Rahman Katkhuda. Algunas inscripciones en la mezquita resaltan que fue establecida por El-Mamoun El-Bataihi, quien sirvió como Wazir o Ministro del Califa El-Amer Bi-Ahkam Allah durante aproximadamente cuatro años.
El-Mamoun es descrito allí como el comandante de los ejércitos y la espada del Islam. La mezquita es una de las mezquitas prominentes en El Cairo debido a su estilo único de decoración que se ve afectada por el Ismaili Shiite Mazhab adoptado por los fatimíes en ese momento. Esto aparece obviamente en las inscripciones de los nombres del profeta Mahoma y Ali, el descendiente reclamado por los chiítas, en los nichos sobre la fachada.
Estas inscripciones están diseñadas de esa manera para iluminar algunas de las creencias chiítas sobre el asunto de los miembros de la familia del Profeta y sus descendientes. De especial interés en esta mezquita es el diseño de la fachada y la entrada: la fachada de piedra es paralela a la calle y la entrada no se enfrenta a la pared de Qibla a diferencia de la mayoría de los edificios que se establecieron antes. La entrada está bellamente decorada con alas idénticas en ambos lados que fueron regaladas a la mezquita por la comunidad de Bohara.
Las características más distintivas de ese edificio son los medallones perforados sobre la entrada y las conchas y los paneles de estalactita que embellecen los nichos porque estos adornos no se usaban comúnmente antes. La puerta de la mezquita El-Aqmar es un buen ejemplo para las puertas de la mezquita en ese momento, ya que se le proporcionó un lugar para guardar los libros del Sagrado Corán en su parte posterior. Desde adentro, el patio central de la mezquita está bellamente ornamentado con inscripciones cúficas originales para algunos versos del Corán. A finales del siglo XIV, el emir Yalbugha El-Salami regaló a la mezquita el Mihrab, el Minbar y la fuente de la Ablución. Con el paso del tiempo, la mezquita se convirtió en el nivel de la calle, pero aún se conserva debido a los numerosos procesos de restauración de la misma. Las ventanas y los patrones de mármol actuales en el área del santuario y el tocón del minarete se remontan a procesos posteriores de restauración.