La Pirámide de Pepy II está ubicada en la sección sur de la Necrópolis de Saqqara. El rey Pepi II gobernó el país durante unos 94 años, más tiempo que cualquier faraón. Su pirámide tiene un complejo con un templo mortuorio, una calzada y un templo del valle. Algunas de las representaciones de estos templos manifiestan múltiples escenas de hacer ofrendas, de algunas actividades de la vida diaria, de la celebración del Festival Sed, de la guerra y de los cortesanos que rinden homenaje. La pirámide de Pepi II está construida de manera muy similar a la de sus predecesores, utilizando pequeñas piezas de piedra caliza aseguradas con un mortero de arcilla para el núcleo de cinco pasos y piedra caliza blanca fina para la carcasa.

La razón por la cual se amplió la pirámide en sí permanece sin resolver. Después de colocar la cubierta y construir la capilla norte, se agregó una banda de ladrillos de casi 7 m de ancho alrededor de la pirámide al nivel de la tercera capa de bloques centrales. Para completar este trabajo, la capilla norte y el muro del recinto fueron derribados, aunque el muro se construyó un poco más lejos de la pirámide. Este trabajo de ladrillos de barro no se elevó por encima de la altura del muro perimetral. Edwards sugirió que esta adición podría haber sido para fortalecer la pirámide después de que fue dañada por un terremoto, pero el ladrillo de barro realmente no era lo suficientemente fuerte como para ser utilizado para este propósito. Es posible que se haya agregado para fortalecer los niveles más bajos de la carcasa. Otros han sugerido que los constructores querían que la pirámide se pareciera al jeroglífico de "pirámide", con una banda en la base, o incluso que podría haber simbolizado uno de los festivales Sed. Con una medida de 52 m, la pirámide estaba construida con pequeños trozos de piedra caliza. Dentro de la pirámide, la cámara funeraria de Pepi II tiene un sarcófago de granito negro. El techo de la cámara está pintado con estrellas; y las paredes están talladas con algunos textos piramidales.