La Madrasa-Khanqah del Sultán Barquq se encuentra en la calle El Muiz Le Din Allah, junto a la Mezquita y la Madraza de Kamil Ayyub y la Madraza de El Nasir. Este complejo consistía en un Khanqah o un hospicio para los estudiantes sufíes, una Madraza o una escuela que era un lugar para adorar y estudiar el Corán y las instrucciones proféticas, y un mausoleo en uno de los rincones de la Madraza. Fue establecido por el sultán Barquq, quien fue el primer bahri mameluco en ascender al trono de Egipto en 1382 y el esposo de la viuda del sultán Shaban. Los historiadores explican que logró asumir el poder después de matar a muchas personas y conspirar contra otras. Después de mantener el poder, trabajó duro para defender su trono y protegerlo de las conspiraciones de los emir mamelucos sirios. El estilo de decoración de los primeros mamelucos de Burgi no es muy diferente del estilo bahri mameluco.

Esto aparece claramente en la fachada de forma horizontal con hermosos recovecos y en el minarete con su empuje vertical. La entrada de la Mezquita-Madrasa se puede ver cerca de El-Nasir Madrasa con una forma rectangular y paneles armoniosamente decorados. Las puertas están embellecidas con vestigios de bronce y patrones plateados en forma de estrella y la central está adornada con el nombre del constructor, Barquq. Para llegar al patio pavimentado con mosaicos de mármol que cuenta con grandes discos de pórfido en su extremo, uno debe caminar a través de un vestíbulo abovedado. El plan interior de la Madraza consta de cuatro pasillos que rodean el patio central. El techo de la Madraza está sostenido por hermosas columnas de pórfido que datan de la época faraónica. La parte interior estaba iluminada por lámparas bellamente esmaltadas que colgaban del techo, y algunas todavía existen en el Museo de Arte Islámico de El Cairo. Para llegar a los lugares de los estudiantes sufíes en el piso superior, uno debe pasar por una de las cuatro puertas laterales bellamente adornadas con medallones. El Minbar de la mezquita data de 1440 y fue regalado a la mezquita por el sultán Gaqmaq.

El pasillo central del Qibla se encuentra en el lado derecho de la entrada y se apoya con arcos laterales. Desde la puerta del pasillo de Qibla, en el lado derecho de la entrada, se puede ingresar al Mausoleo de Fátima, la hija del Sultán Barquq, mientras que el mismo Sultán está enterrado en su mausoleo en el Cementerio del Norte. La tumba está precedida por una vasta área dedicada a recitar el Corán. El plano interior del santuario está coronado por una cúpula con dosel que está bellamente decorada con estalactitas arabescas y apoyada con pechinas doradas. El piso de la tumba tiene incrustaciones de mármol y estaba iluminado a través de ventanas con vidrieras. El mausoleo fue renovado en el siglo XX y aún se conserva.