Hijo de Amón y Mut, Khonsu es el dios de la luna y el tercer miembro de la Tríada Tebana. Su templo se encuentra en la esquina suroeste del templo de Karnak, inmediatamente al norte de la puerta de entrada que tiene 2 metros de altura, construido por Ptolomeo III Euergetes, llamado Bab Al-Amara. La puerta también conduce a la avenida de esfinges de casi tres kilómetros que va hacia el sur hasta el Templo de Luxor, construido por Nectanebo I en la Dinastía 30. El Templo de Khonsu es un monumento importante para los egiptólogos porque está bien conservado y sus paredes y techo están Aún intacto. El templo fue comenzado en la XVIII Dinastía por Amenhotep III, y luego ampliado y decorado por los gobernantes posteriores. Ramsés III construyó la estructura principal del templo. Herihor (el Sumo Sacerdote de Amón) y Pinedjem se encargaron de construir los pilones del templo y su Corte de Peristilo. El templo representa así un testimonio sincero de los cambios de esta época que atestigua el comienzo de la decadencia de Egipto. En las paredes del templo, Herihor se representa a sí mismo del mismo tamaño que Ramsés XI y vestía trajes reales.


El primer pilón del templo tiene 17 metros de alto y 32 metros de ancho. Las escenas de Pinedjem I de la dinastía XXI y su esposa, Henuttawi, haciendo ofrendas a Amun, Mut y Khonsu, decoran su rostro. En las jambas de la puerta, Alejandro Magno está haciendo ofrendas a la sagrada familia de Amón. El Peristyle Court tiene dos filas de columnas en tres lados. En la pared derecha, Herihor es representado con la diosa Hathor haciendo ofrendas a la Tríada Tebana. A la derecha de esta escena, se muestra el Templo de Khonsu, y se puede identificar la fachada del Primer Pilón con astas de bandera en sus cuatro nichos. Después del Peristyle Court, una puerta con el nombre de Ptolomeo IV conduce al Salón Hipóstilo. Tiene ocho columnas, cada una de 7 metros de altura con capiteles de papiro. Las cuatro columnas a lo largo del eje principal son más altas que las de los lados. Las columnas están talladas con figuras de Ramsés II y Herihor. En el Salón Hipóstilo, encontramos también una estatua del dios Khonsu en forma de babuino.

La siguiente cámara, hecha originalmente por Amenhotep II y luego usurpada por Ramses IV, se utilizó para albergar la corteza sagrada de Khonsu. Las paredes están decoradas con escenas de Ramsés IV y varias deidades. Los colores de las capillas alrededor del santuario están bien conservados. En el muro izquierdo (oeste), en la capilla derecha (este), podemos ver una de las escenas más interesantes que tiene la figura de una 'ithyphallic', una mujer-dios león, porque la mayoría de las deidades del león eran mujeres. Detrás del santuario, encontramos escenas de Ramsés III y Augusto César en una pequeña cámara de columnas de dieciséis lados. Al noreste, otra cámara está decorada con figuras de Isis y Neftis en presencia del dios Osiris, dios del Más Allá.