El Museo Nubia fue diseñado por el arquitecto egipcio Mahmoud al-Hakim y el arquitecto mexicano Pedro Vásquez Ramírez, quien diseñó la exhibición interior del museo. El museo fue inaugurado en 1997 y ganó el Premio Agha-Khan de Arquitectura en 2001. El área total del complejo es de 50,000 metros cuadrados: 7,000 asignados para el edificio y 43,000 para los terrenos. La arquitectura del museo y los muros del recinto están destinados a evocar la arquitectura tradicional de las aldeas nubias como era a lo largo del Nilo nubio antes de que la región fuera inundada por el lago Nasser. El museo contiene una gran parte de los tesoros y piezas históricas descubiertas cuando egiptólogos y arqueólogos participaron en la "Campaña de rescate de Nubia" dirigida por la UNESCO, antes de que se construyera la presa alta, para salvar los monumentos nubios de las aguas del lago Nasser.