Ptolomeo VIII trató de apoderarse del trono tras la muerte de su hermano Ptolomeo VI. Además, trató de convencer a su hermana, Cleopatra II, de dejar su autoridad sobre el niño Ptolomeo VII y darle el derecho a adoptar esta posición. Cuando ell se negó, le pidió a Roma su ayuda, y poco después, se casaron. Ptolomeo VIII era completamente diferente cuando se compara con su hermano mayor. Tenía un carácter agresivo y autoritario. Empezó su gobierno dando muerte a su sobrino Ptolomeo VII, y luego se casó con su sobrina, Cleopatra III en 142 aC, a pesar de que estaba casado con su madre.

Cleopatra II se molestó mucho y trató de recabar apoyos en Egipto. Todo esto terminó con una revolución en todo el país. Ptolomeo VIII trató de salvarse a sí mismo saliendo de Egipto por un tiempo y ponerse en contacto con Roma, su aliado, para ayudarle a tomar el trono. Roma le devolvió a Egipto y amenazó a Cleopatra II de una manera que no tuvo otra alternativa más que escaparse a Anteob para decidir lo que debe hacer.

Después de un tiempo, la situación se hizo mucho mejor entre ambos y ella regresó a Egipto y vivió de nuevo como su esposa. Ptolomeo VIII murió en 116 A.C. a la edad de 65 años. Poco después, Cleopatra II desapareció y Cleopatra III gobernó sola. Ptolomeo VIII tuvo cinco hijos de Cleopatra III, dos hijos y tres hijas, y tuvo otro hijo llamado Ptolomeo Apion que fue elegido para gobernar Balqa en Libia, haciendo caso omiso de la voluntad anterior de que Balqa debería ser gobernada por Roma después de su muerte. Cleopatra III se encontró en una situación muy crítica debido a que Ptolomeo VIII le dejó la decisión de elegir a cual de sus dos hijos como futuro rey.