La mezquita de Sayyida Nafisa se encuentra a 150 metros hacia el sur de la plaza El-Sayyida Nafisa. Fue construido por Abbas Helmy II durante la dinastía de Mohammed Ali Pasha. El-Sayyida Nafisa es uno de los miembros del profeta Mahoma que tiene una gran reputación en Egipto y es considerado como un santo.
El mausoleo fue reconstruido y decorado muchas veces desde el período fatimí hasta ahora. La mezquita de El-Sayyida Nafisa fue reconstruida por Abd El-Rahman Katkhuda pero fue destruida por el fuego y fue reconstruida muchas veces después de eso. La mezquita que existe actualmente en la plaza data de 1897 y fue erigida por Abbas Helmy II.
Durante el último cuarto del siglo XX, se agregaron muchas extensiones a la mezquita para convertirla en uno de los principales centros de estudio del Corán y las instrucciones proféticas. La mezquita tiene dos puertas: la puerta principal es especialmente para hombres, arrojaron la cual pueden alcanzar el cenotafio de El-Sayyida Nafisa, y otra puerta al lado de la fachada oeste de la mezquita, arrojaron por donde las mujeres pueden entrar para caminar alrededor del santuario. De especial interés en esta mezquita son la pantalla de metal finamente diseñada sobre el cenotafio que se encuentra en una de las esquinas de la mezquita y la cúpula excesivamente decorada que la supera.