La última fase de la historia de los Ptolomeos en Egipto está considerada como uno de los períodos más misteriosos en la historia del mundo. Cleopatra VII tenía un carácter fuerte,y era uns política formada, bien educada y astuta. Hablaba varios idiomas y tenía la capacidad de gobernar el país y de imponer su fuerte personalidad a los dirigentes del Imperio Romano. Cuando ella apareció por primera vez como un gobernante con su hermano Ptolomeo XIII , que era alrededor de 17 años de edad. En ese momento, ella no era muy buena en los asuntos políticos. Cleopatra VII decidió apoyar a Pompeyo en su guerra contra el César: se enviaron barcos de Egipto, algunos cereales y las contribuciones para su ayuda. Sin embargo, once de los guardias del palacio no la apoyaron ytuvo que huir primero a Tebas, donde preparó un ejército y marchó sobre Pelusio donde se encontró con su hermano Ptolomeo, quien había preparado un fuerte ejército.

En ese momento, la situación en Roma era más claro y era evidente que el siguiente regente sería César. Pompeyo trató de encontrar una salida y huyó a Alejandría en búsqueda de apoyo, pero fue rechazado por los guardias de Ptolomeo XIII y más tarde asesinado y su cabeza fue cortada y fue entregada con su anillo a César. Cuando César llegó a Alejandría tres días más tarde, se hizo el amo de la ciudad. Ptolomeo XIII tuvo que regresar de Pelusio en una posición débil, pero Cleopatra tuvo que ir a Alejandría disfrazada.No sabemos si realmente llegó a los pies de César envuelta en una alfombra . Ella conquistó a César, aunque él le doblaba en edad .

No tenemos un retrato real de Cleopatra, pero se dice que ella está representado en una de las paredes del templo de Dendera y también está representada en algunas monedas (divisas), pero se cree que es sólo una imagen que no es real. El único que describe su belleza es Plutarco , pero parece que hablaba de la belleza de su carácter. Se dice que cuando ella estaba en una reunión con la comunidad todos los asistentes se concentraban exclusivamente en ella y sólo la escuchaban a ella. Ptolomeo XIII se puso furioso cuando se enteró de que Cleopatra se había convertido en amante de César, y hasta el regreso de Chipre a la autoridad egipcia no ayudó mucho en calmar los sentimientos de Ptolomeo XIII hacia su relación. Ptolomeo trató de reconciliarse con su hermana, pero esta reconciliación no duró mucho tiempo. En 48 AC, César pasó la mayor parte de su tiempo en Alejandría. En noviembre, Archilles con un gran ejército marchó sobre Alejandría. César , por miedo a que su flota pudiese ser capturada, le prendió fuego y el fuego se extendió por todas partes y destruyó una gran cantidad de documentos que estaban destinados a ser añadidos a la colección de la biblioteca.

Al mismo tiempo, la hermana de de Cleopatra, Arisnoe que odiaba a Cleopatra y César) se unió al campamento de Archilles y los alejandrinos la declararon como la reina de Egipto. Aunque César fue casi derrotado, se las arregló para contener al ejército invasor, y pronto, las tropas que mandó traer desde Asia occidental comenzaron a llegar. Cuando César logró reforzar su posición, Archilles fue derrotado, y el joven Ptolomeo XIII murió ahogado al intentar escapar, y Arisnoe y Alejandría cayeron en manos de César. La fuerte injerencia de Roma en los asuntos internos de Egipto llegó a ser muy explícita. César restituyó a Cleopatra en el trono con su hermano menor Ptolomeo XIV . César, Cleopatra VII y Ptolomeo XIV, fueron en un viaje en el Nilo, hasta llegar al Alto Egipto. Cleopatra estaba embarazada en ese momento y dió a luz a un niño que lo llamaron Ptolomeo César o Cesarión. César regresó a Roma para celebrar sus victorias. Más tarde, Cleopatra VII, Ptolomeo XIV y su hijo Ptolomeo César fueron a Roma para dos fines: Confirmar el tratado con Roma y continuar la relación con Julio César . César se casó con una señora llamada Calpurina en Roma, y el derecho romano no le permitía casarse con más de una mujer, independientemente de la nacionalidad. Cuando César admitió Cesarión, Calpurina enloqueció y se fue a los senadores para quejarse. Se quejó de que se casó con otra mujer.

Ahí en el senado se le hicieron otras acusaciones como quedarse con todo el mérito de las conquistas sin mencionar a Roma. Cleopatra pasó trece meses en Roma hasta que César fue asesinado después de una decisión de todos los miembros del Senado. Después de la muerte de César, Cleopatra VII y Ptolomeo XIV, estaban asustados, ya que fueron la razón del asesinato de César, por lo que decidieron regresar a Egipto. Inmediatamente después estaban de regreso y Ptolomeo XIV murió, quizás asesinado por Cleopatra. Luego, se nombró a su hijo, Cesarión, en el trono de Egipto.

Cleopatra y Marco Antonio

Cleopatra anunció Cesarión como Ptolomeo y trató de ejercer su papel como gobernante del Alto y Bajo Egipto a través del envío de algunas campañas pero ella tuvo que enfrentarse a una serie de derrotas en Siria, así como en Chipre. Casius envió a Egipto para pedir apoyo y ayuda para fortalecer su posición en Roma pero Cleopatra vaciló. No tenía el deseo de ayudar al asesino de César, pero tampoco era lo suficientemente fuerte como para oponerse a Roma. Finalmente encontró en la peste y la hambruna que azotaban Egipto la razón para no asistir a Casiussto.

Mientras tanto, Cleopatra había preparado una flota con el propósito de reunirse con Octavio y Marco Antonio, pero una tormenta causó daño a la flota, y ella se vió seriamente afectada por el mareo. Esto hizo que regresara a Alejandría, sin lograr su propósito. Así que se empezó a construir otra flota nueva, pero antes de que ésta ya estuviera lista, Antonio victorioso, ya controlaba el mundo oriental. Cuando Cleopatra se dió cuenta de que la posición de Antonio era la dominante, decidió conquistarle, como lo hizo con César antes. Pero la situación era diferente: se trataba de un mutuo interés entre Egipto y Roma. Por un lado, Antonio necesitaba la ayuda y la riqueza de Egipto. Por otra parte, Cleopatra necesitaba la protección de Marco Antonio. Una parte de estos mutuo interés fue que Antonio mató a la media hermana de Cleopatra, Arsinoe, que era una amenaza para el trono de Egipto. En Egipto Cleopatra estaba ocupada reorganizando el país, y reconstruyendo el sistema administrativo.

No pareció molestarle que Antonio se casara con Octavia, la hermana de Octavio, pues suponía que era para un propósito diplomático. En Siria, Antonio decidió pedir a Cleopatra que se reunise con él . Antonio quiso casarse con ella . Era una situación muy difícil para Antonio, porque le haría perder Octavia y en consecuencia tendría que perder a Octavio también. Junto con el matrimonio, Cleopatra quería que todas las tierras que habían pertenecido a Egipto en épocas anteriores como el Sur de Siria . Antonio aceptó. Marco Antonio y Cleopatra se casaron el 37 o el 36 antes de Cristo, y ella lo acompañó en una de las campañas en el Eufrates. Ella se quedó embarazada y en el camino de vuelta a Egipto, dió a luz a un niño. Cleopatra tenía una gran ventaja en la realización de negociaciones con los extranjeros, debido a sus habilidades lingüísticas. Ella hablaba egipcio, griego, hebreo y arameo, que era el idioma de los negocios del Cercano Oriente. En ese momento, Marco Antonio perdió su campaña, y tuvo que organizar otro ejército, y Octavio empezó a actuar contra él, tal vez como una especie de venganza. Antonio logró derrotar a los armenios en el 34 AC y regresó a Alejandría, para celebrar su victoria.

Cleopatra había conseguido recuperar todas las pertenencias anterior de Egipto y tener un control total sobre Antonio. El enfrentamiento entre Marco Antonio y Octavio se debió en parte por el Imperio Romano y sus pertenencias, así como un deseo de venganza. Antonio no se resistió durante mucho tiempo y fue derrotado. Al creer que Cleopatra fue asesinada, Antonio se suicidó. Cuando la noticia llegó a Cleopatra y estaba segura de que Octavio estaba en camino a Egipto, prefirió suicidarse antes de capturada y asesinada por los romanos.