La mezquita fue construida durante los primeros años de la conquista islámica de Egipto por Amr Ibn El Aas. La historia revela que la mezquita se convirtió en una iglesia dos veces: durante la ocupación de la Cruzada y durante la campaña de Napoleón. Como no se realizó ninguna restauración en la mezquita desde el siglo XIX, ahora está en ruinas. El plan de la mezquita consiste en un patio abierto, rodeado de 4 pórticos, el más grande de los cuales contiene el Mihrab (que marca la dirección a La Meca). Los pilares de los pórticos están hechos de granito y mármol; y el techo es de madera. Mejilla por mejilla con la mezquita, están las tumbas de los mártires soldados musulmanes que murieron durante las Cruzadas.